Prazsky krysarik kan spores meget langt tilbage i tiden. De ældste spor af racen stammer helt tilbage fra starten af forrige årtusinde, hvorfra kilder beretter, at den polske konge Boleslav II (1058 -1080) var meget glad for to Prazsky krysarik, som han havde fået i gave. De stammede fra et område, der i dag ligger i Tjekkiet.
Senere har man kilder, der fortæller, at den tjekkiske konge Karl (Karel) IV i 1377 forærede den franske konge Karl (Charles) V tre Prazsky krysarik. Ved sin død i 1380 testamenterede Karl V to Prazsky krysarik til sin søn Karl VI. Senere har man mange rapporter om, at Prazsky krysarik var almindeligt repræsenteret ved det tjekkiske hof, hvor den ofte prydede banketter og hofballer. De tjekkiske konger og prinser var meget glade for deres Prazsky krysarik og brugte i vid udstrækning at forære dem væk som gaver til regenter i andre lande, hvorfra de spredtes til andre samfundslag og blev opblandet i andre racer. Man mener, at den lille hund blev set som et symbol på Tjekkiets uafhængighed og suverænitet.
Efter nederlaget i slaget ved Bílá Hora flygtede kong Frederik og dronning Elisabeth, og det tjekkiske kongehus mistede sin betydning. Det betød samtidig, at Prazsky krysarik mistede sin status som hofhund og måtte overleve blandt almindelige mennesker. Racen overlevede de trange tider, men et forsøg på at få den internationalt anerkendt i starten af forrige århundrede mislykkedes. De udstillede hunde blev kasseret, fordi dommerne brugte standarden for den tyske dværgpinscher. Det lykkedes ikke at få racen anerkendt, og det var til stor skade for dens fremtidige udvikling. Bedre blev det ikke, da 2. verdenskrig satte en stopper for det videre arbejde.
Efter krigen blev et par førende hundeeksperter Theodor Rotter og Otakar Karlik interesseret i den specielle lille race. De forsøgte at samle dokumentation og starte et opdrætsprogram. Også dette forsøg mislykkedes, fordi de udvalgte hunde ikke havde en stamtavle på seks generationer, som det på den tid krævedes for at få racen registreret. Da Otakar Karlik i 1950 mistede alt hvad han ejede, inklusive alle dokumenter vedrørende Prazsky krysarik, mistede han modet, og arbejdet gik i stå.
Først helt fremme i 1980’erne blev arbejdet genoptaget, og det lykkedes at få gang i opdrætsarbejdet igen.
Den 12. oktober 1980 besluttede den tjekkiske sammenslutning af opdrættere at indskrive racen i opdrætsregisteret, og på den måde blev Prazsky Krysarik national race. Den første registrerede opdrætter af racen var Fru. Libuše Ondroušková fra Starkoč nær Náchod, nordøst for Prag. Hun etablerede den første kennel for racen ved navn Odkaz Středověku, hvilket betyder ”Kulturarv fra middelalderen”. Her blev første tæve Anni Odkaz Středověku født i det første kuld af tæven Kikina og hannen Filipa den 12. september 1982.
Tjekkiet var det første land, hvor racen blev anerkendt og kunne stambogsføres i ČMKU (Českomoravské kynologické unie). Senere er den blevet godkendt i flere andre lande, senest i Danmark fra og med 2013. Den tjekkiske PK-forening Klubu Přátel psů Pražských Křysaríků har udarbejdet en standard , og gør et stort arbejde for at fremme opdrætsarbejdet. Den arbejder for at få racen anerkendt i FCI , men det er en langsommelig proces. Den tjekkiske klub KPPPK har sendt en ansøgning afsted om anerkendes af racen i FCI. Men der er stadig nogle krav og problemstillinger, racen skal opfylde og løse, før en godkendelse kan komme på tale. F.eks. mangler 7 rene generationer i stamtavlen, det betyder 7 generationer uden tæt indavl.
